Στο παλιότερο κτήριο (στρατιωτικό νοσοκομείο), στεγάστηκε το Μεσοπόλεμο η Ανωτέρα Διοίκηση Χωροφυλακής, ενώ η Σχολή στο νεότερο. Οι ιταλικές βόμβες δεν μπόρεσαν να καταστρέψουντα κτήρια σε σημαντικό βαθμό και αυτά χρησιμοποιήθηκαν αμέσως μετά για τη στέγαση Ιταλών αιχμαλώτων. Αυτοί ήταν κυρίως βαθμοφόροι και ανέρχονταν σε μερικές εκατοντάδες. Οι Γερμανοί απέφυγαν (για το λόγο αυτό) να βομβαρδίσουν τα ίδια τα κτήρια, με την εδραίωση της κατοχής όμως τα ισοπέδωσαν και χρησιμοποίησαν τα υλικά για την κατασκευή οχυρωματικών έργων.
Συγκεκριμένα, έχτισαν ένα χοντρό πέτρινο τοίχο πάνω στην παραλία του Κουμ Καπί, από τα τείχη μέχρι το σημερινό «θέατρο Δημ. Βλησίδη». Ο τοίχος αυτός καθαιρέθηκε μετά τον πόλεμο, εκτός από το νοτιότερο τμήμα του (Φούρνος Συντζανάκη θέατρο Δημ. Βλησίδη, τότε αποθήκες Κούνδουρου), που καθαιρέθηκε όταν έγιναν τα έργα αποχέτευσης και ο παραλιακός πεζόδρομος. Βορειότερα από τη Σχολή, σώζονται ακέραια δύο βενετσιάνικα νεώρια. Τα νεώρια αυτά, θεμελιώθηκαν από το βενετό αξιωματούχο Benedetto Moro στα 1599 πάνω στον ισοπεδωμένο βράχο του «Λαγονησιού» και ήταν συνολικά πέντε.
Είχαν προλάβει να ολοκληρωθούν τα δύο (αυτά που σώζονται και σήμερα) όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν την πόλη (1645). Τα υπόλοιπα τρία είχαν φτάσει μέχρι το σημείο περίπου που αρχίζει ο θόλος. Όλα τους όμως είχαν πρόβλημα γιατί η θάλασσα σε εκείνο το σημείο είναι ανάβαθη.
Λίγο πριν την πολιορκία ή ίσως μετά την κατάληψη και την επισκευή των οχυρώσεων, τα δύο βορειότερα μπαζώθηκαν με χώμα, για να ενισχυθεί περισσότερο το τείχος εκεί (revellino Michiel) και πάνω τους κτίστηκε μια πυριτιδαποθήκη. Το μεσαίο έμεινε ξέσκεπο για αρκετά χρόνια όπως δείχνει και γαλλικός χάρτης των αρχών του 18ου αιώνα. Αργότερα στεγάστηκε με κεραμοσκεπή, θύμα κι αυτή του Β’ παγκόσμιου πολέμου. Τα ανοίγματα προς τη θάλασσα κλείστηκαν και τα νεώρια μεταβλήθηκαν σε αποθήκες. Η πρόσβαση προς το λιμενοβραχίονα γινόταν 1 με κεκλιμένο επίπεδο (ράμπα) μέχρι το πάνω επίπεδο της οχύρωσης.
Στο σημείο που αρχίζει ο λιμενοβραχίονας, σώζονται και σήμερα τα ερείπια από 6-7 τούρκικες στρατιωτικές τουαλέτες, που διαθέτουν τουφεκιοθυρίδες. Τα νεώρια του Μοιό διαφέρουν από τα υπόλοιπα του κύριου συγκροτήματος διότι η πίσω τους πλευρά είναι ενσωματωμένη στο τείχος, δεν έχει εισόδους και το μοναδικό άνοιγμα είναι ένα μεγάλο ημικυκλικό παράθυρο στον ανατολικό τοίχο του καθενός.
Σήμερα συνεχίζουν να χρησιμοποιούνται σαν ταρσανάδες και πρόσφατα εκεί ναυπηγήθηκε ένα αντίγραφο μινωικού πλοίου, δώρο στους πρόσφατους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας.